CNI tiene una Asamblea General de Socios formada por sus Asociaciones Provinciales miembro y se reúne una vez al año.
La Junta Directiva está formada por los Presidentes de las Asociaciones miembro y se reúne cuatro veces al año para hacer un seguimiento de los objetivos de la Confederación.
El Comité Ejecutivo es quien trabaja en la consecución de los objetivos de CNI y ejecuta la estrategia anual y plan de trabajo aprobado por la Junta Directiva. Está formado por 10 profesionales del equipo de trabajo y Asociaciones provinciales.
El Comité Técnico formado por 20 profesionales expertos de toda España, colabora de forma regular y permanente con CNI en Comités, Jornadas Técnicas, Congresos y redacción de artículos técnicos, documentos, informes, hojas de cálculo, etc.
El equipo de trabajo está formado por 4 personas en las áreas de Dirección, Finanzas, Marketing y Administración.